El Museo de Sitio de la Secretaría de Educación Pública abrió sus puertas al público en 1994 con el propósito de exhibir los objetos y vestigios descubiertos en los años de 1989 a 1991 durante los trabajos de restauración a los inmuebles que conforman el conjunto arquitectónico. A poco más de veinte años de su apertura y con motivo de las actividades de conmemoración por los 90 años de la conclusión de los murales que entre 1922 y 1928 fueron creados en este edificio por los artistas más representativos del movimiento muralista mexicano, la Secretaría de Educación Pública realizó labores de reestructuración del espacio para una nueva lectura de su colección.